Franchise terbesar milik Ubisoft apalagi kalo bukan Assassin’s Creed biasanya dimulai dengan menceritakan kisahnya dari perspektif Assassin Order. Dengan Ordo Templar yang memperjuangkan perdamaian melalui penghapusan kehendak bebas, selalu penjadi pertanyaan jelas bagi para penggemar siapa yang benar. Namun, ada satu judul yang memamerkan perspektif Ordo Templar – dan bagaimana satu pembelot yang hampir menghancurkan Colonial Brotherhood of Assassins.
Assassin’s Creed Rogue memperkenalkan seorang assassin muda bernama Shay Patrick Cormac, yang merupakan anggota American Brotherhood sebelum Seven Years War. Shay dan temannya Liam O’Brien ditugaskan memburu artefak yang diyakini Ordo terkait dengan Pieces of Eden. Pieces of Eden sudah ada jauh sebelum lahirnya Kredo dan memiliki kekuatan yang begitu besar sehingga dapat mengancam keseimbangan dunia, jika Templar menguasai bahkan salah satu dari mereka, mereka dapat memperbudak seluruh umat manusia.
Kedua pasangan itu berhasil menemukan satu artefak di sebuah kuil kuno di bawah Lisbon. Namun, Shay mengambilnya dan memicu gempa bumi yang menewaskan sejumlah kru dan membuat ribuan orang terdampar. Pengalaman ini membuatnya percaya bahwa Assassin tidak peduli dengan orang tak berdosa, sekarang memandang mereka sebagai kebalikan dari pahlawan yang dia kira. Shay berpaling dari Order, mempertaruhkan nyawanya saat rekan-rekan memburunya. Dia akhirnya menemukan jalannya ke Colonial Rite of the Templar Order, dan dari sana, dia memihak kepada musuh bebuyutan Assassin dan bersumpah untuk menjaga rekan lamanya agar tidak pernah menemukan kuil lain.
Selama Seven Years War, Shay memburu rekan pembunuh lamanya dengan Grandmaster Templar, Haytham Kenway. Haytham adalah anak dari assassin bajak laut Edward Kenway, tapi dia dibesarkan untuk mengikuti para Templar. Selama bertahun-tahun, Haytham dan Shay mendapatkan Kedudukan yang kuat di Koloni dan memenangkan Seven Years War untuk Templar. Dia juga menyingkirkan beberapa anggota paling kuat dari Colonial Brotherhood.
Klimaks dari Assassin’s Creed Rogue melihat Shay membunuh teman lamanya Liam dan Haytham, melumpuhkan pemimpin mereka, Achilles Davenport. Selama tujuh tahun, Assassin tidak terorganisir dan tanpa kepemimpinan karena Shay dan Templar mengendalikan koloni dari bayang-bayang. Tidak akan sampai tujuh tahun lagi sampai putra Haytham, Connor, akan tiba dan melanjutkan di mana Achilles tinggalkan dengan menghilangkan ancaman Templar di Amerika dan membantu kemenangan negara itu melawan mahkota Inggris selama salah satu konflik terpenting dalam sejarah, Revolusi Amerika.
Cormac terus bekerja dengan Ordo Templar, memburu artefak kuno yang akan membantu mereka mendapatkan keunggulan melawan Assassin. Saat Connor melanjutkan untuk membebaskan Koloni, Shay berada di Paris, bertugas membunuh seorang Assassin yang memegang kotak suci yang dapat membuka rahasia kuno dan ada sejauh assassin dari China yang Shao Jun. Assassin yang dia bunuh adalah ayah dari Arno Dorian, seorang pembunuh yang akan membantu membebaskan Paris di Assassin’s Creed Unity. Meskipun Shay Cormac tidak menghancurkanAmerican Brotherhood of Assassins sepenuhnya, dia menunjukkan betapa cepatnya mereka bisa hancur ketika salah satu dari mereka berpindah pihak.